Fu chiamato all’episcopato da laico, mentre era giurista all’Università di Salamanca e alla corte di Filippo II di Spagna. Aveva quarantadue anni e iniziò subito un’intensa attività missionaria. Organizzò la Chiesa peruviana in otto diocesi e indisse dieci sinodi diocesani e tre provinciali.

Fondò a Lima il primo seminario del continente americano. Incentivò la cura parrocchiale e fu strenuo difensore degli indios.