Nata a Laviano (Perugia), andò a convivere con un nobile di Montepulciano con cui, però, non si sposerà, nonostante dal loro amore nasca un figlio, e che morì assassinato nove anni dopo.
Allontanata dai parenti dell’uomo e dalla propria famiglia, venne accolta a Cortona (Arezzo).
Nel 1278 fondò l’Ospedale della Misericordia. Visse un periodo da contemplativa e una domenica ricomparve a Laviano per raccontare le proprie vicende giovanili e chiedere perdono.
Nel 1289 Margherita fu tra i fondatori della Confraternita delle Laudi.