Nato nel 1538 nella Rocca dei Borromeo, sul Lago Maggiore, era il secondo figlio del Conte Giberto e quindi, secondo l’uso delle famiglie nobiliari, fu tonsurato a 12 anni.
Studente brillante a Pavia, venne poi chiamato a Roma, dove venne creato cardinale a 22 anni.
Inviato al Concilio di Trento, nel 1563 fu consacrato vescovo e inviato sulla Cattedra di sant’Ambrogio di Milano. Un territorio che il giovane vescovo visitò in ogni angolo, preoccupato della formazione del clero e delle condizioni dei fedeli.
Fondò seminari, edificò ospedali e ospizi. Durante la peste del 1576 assistette personalmente i malati.
Appoggiò la nascita di istituti e fondazioni e si dedicò con tutte le forze al ministero episcopale guidato dal suo motto: «Humilitas».
Morì a 46 anni, consumato dalla malattia il 3 novembre 1584.